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1、 开端
穆德和史卡莉讲述了他们在南极的冒险（电影《征服未来》），争取恢复X档案，遭到了一致否决。他发现史邦德和戴安娜接替了他们的工作。亚利桑那州发生了一起事件，斯基纳怀疑与穆德搜寻的外星人有关，透露给了穆德。穆德和史卡莉去了核电站但是被拒绝进入，随后发现神童吉布森在他们车里，原来癌人想利用他与“那家伙”的联系找到它，而吉布森偷跑了出来。戴安娜找到穆德，带他进入核电站，而吉布森跟着史卡莉来到医院检查，却被影子政府的人带走。在核电站中，穆德看到了吉布森，一路追踪，到达外星人把所在的地点后却被关在门外，眼睁睁看着它把影子政府的人干掉，回头却面对着戴安娜黑洞洞的枪口……史卡莉告诉穆德，“外星人”的DNA存在于人类的身体里，我们每个人都可能是外星人……
2、 向前冲
内华达州，警方迫停了一辆盗窃来的轿车，没想到车里的妻子头骨爆裂而死。穆德史卡莉正在就购买化肥例行检查，在电视上看到这一幕后立刻赶到。被捕之后，丈夫克兰普也出现了相同症状，送医途中设法拦下紧跟在后的穆德的车，两人开始了一路向西之旅……史卡莉尸检过程中发现可能传染，去当地检查，其他动物都死于头骨爆裂而一名失聪的老人毫发无损，于是认为与声音有关。与国防部官员谈话之后，她确认是一个放在克兰普家附近的天线交换盒发出了超低频的声音，这声音与头骨共振造成的。史卡莉设法联系穆德，让他开到最西端的海岸线，自己在那里等他，准备探针刺穿克兰普内耳减轻压强。最终穆德开到了，然而克兰普却在这之前头骨爆裂……
3、 百慕达惊梦
失踪六十年的“安妮皇后号”又出现在了百慕大三角地区，穆德闻讯立即赶去，却遭遇了奇怪的场景：他不仅穿越回到1939二战时期，而且那里面的人物都由现实中的人扮演，史卡莉、癌人、斯基纳……他由于知道谁是制作炸弹的科学家而被纳粹抓起来，随即引发了一场大混战，他和“史卡莉”跑了出来。穆德认为只有“史卡莉”能救这艘船并把自己送回去，还趁机吻了她……现实中，三剑客找到史卡莉报告穆德失踪，史卡莉找斯基纳、上司、史邦德求援，只有斯基纳向她施以援手，史卡莉和三剑客登上了“安妮皇后号”，然而与穆德看到的不同，船上是一片破败景象。他们终于救下穆德，还沉浸在梦中的穆德向史卡莉表白……
4、 梦境（上）
穆德和史卡莉接到密报，说在内华达军事基地发现飞碟，他们赶到那里，却发生了时空错位，穆德和要员莫里斯交换了身体。莫里斯很享受这新的身份，他凭借自己的油嘴滑舌很快成为新任局长助理克许身边的红人，但穆德却备受煎熬，他不得不接受两个孩子和一个濒临离婚的家庭。另一边，飞行员和一个印第安老太太互换了身体，搞得基地里焦头烂额，穆德认为这是飞碟坠毁造成的。穆德向史卡莉解释身份互换的事情，却解释不清楚，于是他打算偷飞行记录仪给史卡莉予以证明，被军方当场抓获……
5、 梦境（下）
穆德被关了起来，但旋即释放，因为阴差阳错，他把假的记录仪给了史卡莉，军方都认为这是穆德引蛇出洞的计谋，穆德也顺水推舟。另一边，莫里斯邀请史卡莉到“他家”吃晚饭，途中被史卡莉揭穿身份，这时线人恰巧打来电话约见，两人赴约。没想到线人是魏格曼将军，他将真记录仪给了“穆德”。与此同时，“莫里斯”为了摆脱监视也来到这家餐厅，三人相遇，魏格曼用计使“穆德”脱身。史卡莉把记录仪给孤枪侠看，三人也是一筹莫展，得知回归身份无望，穆德和史卡莉依依惜别。基地里另一名要员悟出来时光反转的方法，他半路拦下了穆德等人，众人静静等待……时光反转，但并不能逆转一切，穆德回到自己公寓，惊愕的发现莫里斯对家的改装，怀疑自己走错了房间……
6、 圣诞幽魂
圣诞夜，史卡莉被穆德拉到了马里兰州一座据说闹鬼的建筑中。史卡莉絮絮叨叨说着这一切都是人大脑产生的幻觉，随后被打开的门吓了一跳。穆德没有嘲笑她，因为两人看到了埋在书房的尸首，穿着他们的衣服，之后又遇到了“鬼打墙”——总在书房里转圈。穆德决定自己先穿过门，史卡莉在原地守着，这个决定糟透了，门在穆德身后关闭，隔开了两人。他们分别遇到了这座房子的男女主人——男女鬼，穆德知道他们是什么，比较镇定，而史卡莉被吓得魂不附体。两个鬼先用心理分析法吓唬他们，发现不奏效后改用挑拨：先假扮穆德朝史卡莉开枪，又假扮史卡莉向穆德开枪，这一计划差点成功，直到穆德反应过来这都是幻觉，两人压根没有中枪。此时大门开了，两人惊魂未定地跑了出去……回到家后又心有灵犀的交换了礼物。
7、 亲密关系
一名弗吉尼亚警官来找史邦德报案，他妹妹晚上莫名其妙流产，史邦德却转手将文件粉碎。穆德看到了文件接手了案子，听了她妹妹的描述（发现卧室被火包围，一个魔鬼抓住她双腿抢走了孩子）发现她的丈夫维恩表现的十分怪异。穆德打电话给史卡莉让他帮忙调查，后者告诉他有药物流产的迹象，在搜查了前院后，警官带走了妹妹。在监狱中，维恩吸走了她的灵魂……维恩来到他的另一个家，他另一位妻子贝茜告诉他肚子中的孩子发育有些问题，于是维恩准备故技重施，却被贝茜识破了。此时穆德已经发现了维恩的怪物身份，驱车赶来，半路遇到了浑身是血的贝茜，贝茜控告维恩抢走了她的孩子。他们赶到她家，维恩还未来得及说出真相便被警官击毙。穆德推测，贝茜是更厉害的怪物……另一边，贝茜开着韦恩的车，旁边座上的婴儿露出一个畸形的手掌……
8、 雨王
穆德和史卡莉受邀到堪萨斯去调查一个人——雨王穆兹，他被怀疑控制天气牟利。通过对他的观察，两人发现他确实有能力改变天气。某天晚上，穆德的房间被牛砸中，在气象台工作的穆兹的前女友希拉在暗恋她的气象学家哈德陪同下赶来，她认为一切都是她造成的。穆德安慰了她，并细心的发现，在得知穆兹的腿是因为喝醉而断的时候，哈德显得如释重负。穆德找到他鼓励他勇敢的表白，哈德则希望穆德陪自己去，甚至释放了大雾来挽留将要乘飞机离开的穆德（这段笑尿了）。然而阴差阳错，希拉爱上了穆德并强吻了他，正好被哈德看见，于是外面开始暴雨……史卡莉前去开导希拉，告诉她爱情通常都出自友谊，希拉出去跟哈德吻在了一起，外面霎时间风和日丽……
第9集
斯基纳到体育馆里去锻炼身体，突然眼前一片模糊倒地不起，随后又接到了一个合成音打来的电话，警告他只有最后24小时的性命。穆德和史卡莉都来帮他，斯基纳想起在总部时有个男人抓他的手问时间，经确定是欧吉尔博士，穆德和斯基纳去找欧吉尔，结果欧吉尔被人带走了。史卡莉化验斯基纳的血液，发现里面的C原子正在自我复制，堵塞血管。穆德找参议员询问斯基纳正在检查的819号法案，参议员明显有所隐瞒，随后穆德找到欧吉尔被关押之地，得知欧吉尔已经死了。斯基纳再次住进医院，病情恶化。他感慨X档案未能重启，感觉对不起穆德和史卡莉，此时窗外的克里切克（又是这个老伙计……）将频率开到最大，斯基纳一度失去心跳，但随后克里切克把仪器关闭了，斯基纳捡回一条命。此时穆德史卡莉已经有了初步的推论，他们认为这是一种纳米仪器，进入人身体后可操控它进行复制。他们想要调查下去却被斯基纳制止，事件最终不了了之。
10、 心灵杀手
克许单独给了史卡莉一个案子，派瑞探员协助她，他怀疑一个记者菲林格有点问题，因为他总是在第一时间赶到案发现场。史卡莉翻看他的档案，惊奇地发现这个男人40年没有变化。一次，菲林格在拍摄一个被抢劫的男孩时，被歹徒在背上连轧数刀，事后竟然像没事人一样站了起来。警方抓住这个机会提审他，结果一无所获。史卡莉来到他家询问，他说他只是能知道人们的死亡时间，将死之人在他眼中成了黑白。他们找到一个妓女，一个男人在纠缠他，菲林格说妓女快死了，史卡莉上前制止了男子，但妓女随后被车撞死……穆德打电话告诉她菲林格已经活了将近200岁，且有好几个化名，而派瑞还是准备逮捕他。史卡莉来到他家通知他，菲林格看到史卡莉变成了黑白……派瑞闯了进来，向菲林格开枪，子弹穿过了菲林格打中了史卡莉，菲林格提醒史卡莉闭上眼睛，自己接受了死神的洗礼……
11、 父与子（上）
军方的秘密基地里，众人正在欢庆实验成功，不速之客外星叛军突然降临。他们烧死了所有人，只留下了作为实验体的史邦德的母亲。史邦德急忙赶去，却不料她只愿意把真相告诉穆德。与此同时，外星叛军开始反攻，他们接连暗杀影子政府的要员，并化妆成死者的模样杀下一个人。史邦德的母亲告诉穆德，影子政府和外星人合作，要通过病毒将人类改造成外星人与人类的混合体，方便外星人进行殖民，而叛军则反对殖民计划。在一次影子政府会议上，有人提议加入叛军，克里切克指出这个穆德父亲提出的计划先前已经被否决，而他们反抗外星殖民秘密研究已经初见成效，这时不能放弃。癌人找到史邦德，恨铁不成钢的怒扇了他两巴掌（你比福克斯·穆德差多了），之后又交给了他一个任务，让他用伸缩针杀掉叛军，史邦德差点搞砸，幸好克里切克帮忙，总算完成了任务。癌人找戴安娜诉苦，戴安娜让他放心交由自己处理。穆德和史卡莉发现癌人是史邦德的父亲大吃一惊，而此时史邦德的母亲赶过来，让穆德杀掉自己，以阻止影子政府的计划。穆德毫不犹豫的举起了枪……
12、 父与子（下）
戴安娜果然好手段，她以医学隔离的名义抓走了史邦德的母亲。由于已经被停职，穆德史卡莉无计可施。此时穆德发现了憔悴不堪的玛丽塔，她告诉穆德，影子政府在她身上测试黑油疫苗。史卡莉和孤枪侠怀疑戴安娜的动机，穆德半信半疑，他到戴安娜房中查找，不巧碰上了癌人。癌人告诉他，影子政府之所以把妻子和孩子交给外星人做实验，是为了换取外星胚胎进行研究，他们所做的一切都是为了保证穆德这一代可以生存。穆德权衡再三，还是决定阻止影子政府。戴安娜回来后，穆德质问她，而戴安娜只是吻了他。史邦德背叛了父亲，把他们运送母亲的方法告诉了史卡莉。穆德和史卡莉赶去拦下了火车。癌人立即改用汽车将史邦德的母亲转移到他们和外星人交流的地方。此时，克里切克发现了死去的实验员和空空如也胚胎夹，大惊失色。另一边，大门再没有任何讯息的情况下打开，癌人见势不妙，跟戴安娜逃了，门外进来了大批叛军，将影子政府的人团团围住，一时间惨叫连连……事件结束了，史邦德终于承认X档案，他请求将X档案的管理权交还给穆德和史卡莉。他回到办公室，却看到了癌人，癌人受够了他的背叛，向他开枪……
13、 水怪
佛罗里达州发生飓风，一家三口失踪。穆德史卡莉冒着风雨前去调查，一个前X档案的探员告诉他们可能跟海怪有关。他们去失踪人家里调查，遇上了警察局的副队长。调查没有结果，副队长到周围巡视，不幸在一栋建筑中遭遇海怪……穆德史卡莉也来到了这栋建筑里，救下了奄奄一息的副队长，还遇到了另外几个人。穆德推测，水怪本身就是水，只有在攻击时才显形，通过人的体液来繁衍，在淡水中无法生存。接着，穆德也受到了攻击，危在旦夕，史卡莉想起用自动灭火装置里的淡水去消灭水怪，救出了穆德。
14、 星期一
星期一的早上，穆德的水床出了问题，所有东西都被淹了，他不得不去银行去兑支票赔钱给房东，然而此时他遇到了抢劫。史卡莉来找穆德，劫匪慌乱之下开枪击中了穆德，随即引爆了身上的炸药……这一天循环往复，每次都以劫匪引爆炸药告终，没有记得“前一天”发生了什么，除了劫匪的女朋友。她试了种种方法意图警告穆德。最后，穆德终于隐约“回忆”起“前一天”发生的事，他打电话让史卡莉把劫匪女朋友带进银行，想告诉劫匪他们可以平安离去，然而劫匪却向他开枪……他女朋友挡下了这一枪，劫匪束手就擒。这诡异的一天总算结束了。
15、 美丽新社区
加州蝉联6年最佳社区的瀑布社区发生了一桩怪事，一对夫妇莫名失踪，穆德和史卡莉以一对夫妻的身份入住，展开调查。他们发现这个社区法规十分严格甚至苛刻，连邮箱的颜色都要统一。穆德掘开土地，发现地上很多大洞，他怀疑是屋主联合会的主席戈格拉克造出怪物，来惩罚破坏规则的住户。他去逮捕戈格拉克时，史卡莉却在家遭遇怪物，幸好有邻居帮忙，史卡莉躲过一劫。穆德带着戈格拉克回来，看到房门打开，把戈格拉克锁到邮箱旁就冲了进去。谁知怪物虽是戈格拉克所造但却是他没法驾驭的，失控的怪物咬死了戈格拉克，自己随之也土崩瓦解……
16、 变形犬
一只“王山”犬杀了船上的两个人逃了出来，穆德和史卡莉介入调查，穆德询问养狗人凯琳的意见，而史卡莉发现凯琳有意穆德的时候，有些微微吃醋。凯琳告诉穆德，她不相信“王山”犬能被抓住，穆德开始怀疑那个声称曾抓住它的博士。随着又有几个人被杀，穆德确信那个博士晚上能变成狗，为了守卫自己的地盘而杀人。穆德受了凯琳的误导，在医院等狗出现完成它未完成的谋杀，实际上狗是去了凯琳家，凯琳与它同归于尽。穆德赶到，却为时已晚，只能望着博士与凯琳的尸体感叹……
17、 穿墙人
一场风暴令罗尔斯有了穿墙的能力，他杀死了管教所的负责人逃了出来。穆德和史卡莉接受了这个案子。罗尔斯去找了他以前妻子的妹妹，并留下了一行字，我想拿回我的东西。穆德起初以为他想拿回他的钱，后来反应过来他要的是他儿子。他从留字的痕迹判断出罗尔斯是通过电流改变物质特性从而能够穿透物质，而玻璃等绝缘体会阻碍他。罗尔斯躲在穆德车的后备箱里，找到了他妻子目前的住址，他挟持了妻子，询问孩子的下落，原来妻子将孩子交给妹妹抚养。在妹妹家中，罗尔斯正欲带孩子离开，穆德和史卡莉赶到，穆德的子弹换成了绝缘体，罗尔斯无法穿过，他躲过穆德的追踪，去找躲在玻璃电话亭里的史卡莉和孩子。看到孩子害怕的模样，罗尔斯瞬间万念俱灰，此时他妻子开着车向他冲来……
18、 爱情小说
一个住在穆德隔壁的作家暗恋上了史卡莉，他笔下的人物有了生命，四处掏情侣的心脏。他能看穿史卡莉内心的想法，有一天终于找上了史卡莉，向心理学家一样进行了一番剖析。史卡莉觉得无聊却又十分好奇，而穆德以他的小说详细描述了犯罪过程为由逮捕了他。最终没能找到证据，只好将他释放。作家临走前说他犯了一个错误：史卡莉其实已经坠入爱河。回到家中，作家再也控制不住他幻想出来的罪犯，于是决定将书稿烧毁。而那罪犯却冲向了史卡莉……
19、 快乐人生
穆德在查阅旧报纸的时候翻出了一个关于可疑的黑人棒球运动员艾斯，于是他去找1947年在罗斯维尔担任警察的亚瑟，后者跟他讲述了一段尘封的往事。在那个歧视黑人的年代，艾斯虽然球技不俗但却入围不了大联盟，当终于有球探来看他比赛时，他却故意发挥失常。亚瑟暗自对他进行一番调查，发现艾斯来历不明，夜晚，艾斯终于在他面前显出真面目——他是一个外星人。他告诉亚瑟自己是因为爱上了棒球这项运动而不愿意回家，有着共同爱好的亚瑟和艾斯成了好朋友。然而好景不长，外星人认为艾斯破坏了他们的计划，前来刺杀艾斯。亚瑟晚了一步，只能任由艾斯死在自己怀里……
20、 难兄难弟
本集剧情承接第五季第三集。十年之后，孤枪侠三人组仍然致力于揭穿军方试图依靠化学品洗脑大众的阴谋，他们来到会场却进不去，而此时拜尔斯发现了莫德斯基，发现她与军方的格兰特是未婚夫妻。拜尔斯急忙假装穆德把史卡莉叫了过来，同时让希基进入莫德斯基的房中一探究竟，而莫德斯基发现了希基落下的东西，尾随他找到拜尔斯，跟他解释自己并未被洗脑，而是因为当初格兰特救了自己，他也致力于揭露军方的阴谋。史卡莉赶到正好碰上了命案，孤枪侠的同伙和竞争对手吉米被提米陷害死于非命，史卡莉在验尸过程中中招，被洗脑。莫德斯基赶忙拿出解药救了她，也救了同样被洗脑的朗格里。最终，朗格里假装枪杀莫德斯基，引来格兰特与提米。提米枪杀格兰特，自己被拜尔斯偷袭失忆。孤枪侠给莫德斯基编造了一个假身份，让她远走高飞……
21、 田园之旅
北卡罗来纳发生了一起诡异的事件，一对夫妻三天前死在山上，被发现时却已是森森白骨。穆德和史卡莉介入调查，穆德又提出那一套外星人理论，还埋怨史卡莉不相信。一切似乎都朝着证明穆德正确的方向发展，他找到了那一对夫妇，后者完整的讲述了被绑架的过程，后来他甚至活捉了一个外星人，然而此时他发现事情有一些不对头……另一边，史卡莉发现了穆德的尸骨，震惊之余她也发现了异常，所有人都轻易接受了她那份不完整的报告，认为穆德是被宗教狂热分子干死的。正在此时穆德敲门进来，史卡莉反应了过来，他们还在那座诡异的山上，这一切都是蘑菇放出的孢子在作祟。他们醒过来，向斯基纳作报告的时候，穆德怎么也想不起来如何到的斯基纳办公室，认为他们其实还没有醒过来，朝斯基纳开枪……
22、 创世纪
一个教授在非洲西海岸发现了几块神奇的残片，能够自行飞起和旋转。他把残片拿来美国给桑德兹博士看，却不料招致死亡。穆德和史卡莉对残片进行调查，结果穆德一碰到残片的拓本就出现耳鸣的症状。他推测是系主任拜恩斯杀了他，并嫁祸给桑德兹，而桑德兹跑到新墨西哥避难了。穆德在跟踪拜恩斯的过程中昏倒在地，路过的克里切克把他带到了房里，安排戴安娜照顾并监视他，正巧史卡莉此时打电话过来，告诉他残片上的文字被翻译出来了，是圣经中的“创世纪”，穆德认为这证明了人类起源于外星人的观点是正确的。史卡莉跟着桑德兹也到了新墨西哥，正在这时斯基纳打电话给她说穆德的病情恶化了。史卡莉急忙赶回来，众人觑着几近癫狂状态的穆德束手无策，史卡莉指责斯基纳与戴安娜撒谎，她自行去了非洲，亲眼看到了神秘的东西……
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