在遥远的未来，一班时间罪犯进行非法行为使历史也被错乱修改，所以地球也成立了公共机关“时间保护局”，来监视这些非法篡改历史的罪犯，并将他们用“冷冻压缩”的刑罚绳之以法，这时“时间保护局”收到报告，在隆德监狱所有罪犯的手下假扮成守护者，趁被冷冻之际，则趁机杀害所有的时间守护者，然后将隆德监狱据为己有，并组成了犯罪集团“洗钱帮”引诱时光机器进行时光旅行，时间设定为来到公元2000年的日本。 　　四位来自公元3000年的时间守护局成员优理、土门、绫濑、席恩，为追捕逃走的时间罪犯唐‧多尼洛与其“洗钱帮”的党羽，与时间保护局战队队长龙也（リュウヤ）[1]来到一千年前的二十世纪，但原来眼前的龙也队长竟是洗钱帮的莉拉（リラ）所假扮，加上时光机受到破坏暂时回不了未来世界，洗钱帮也开始为了金钱四处作恶，但是手上的五个时间变身器“Chrono Changer（クロノチェンジャー!）”启用时必须要有五名使用者同时起动，所以四人将误打误撞来到时光机坠毁的海滩，与龙也长相一模一样的20世纪人浅见竜也拉进阵容中，开始了时连者逮捕洗钱帮归案的战斗。 　　其后浅见竜也为了摆脱家族带来的困扰而离家，与四位未来人在东京都品川区的一个房子住下来，成为时连者的基地，又因脱离家族没有经济来源，所以成立了“TOMORROW RESEARCH”，开始做起万事通（替委托人承担各类工作）的生意。后来又出现了新的机器人与变身器，加上竜也的旧友泷泽直人，也成了拥有与时连者同等力量的竞争对手。 　　但随着局势发展，竜也他们渐渐发现原来打从一开始，就有意想不到的阴谋正在酝酿……

涅吉雷吉亚的西奈拉博士因为自己的“强化人类”实验失败而被世人指责为杀人的科学家（死去的是他的女儿），便认为人类是脆弱的，于是向地球进行破坏行动，想要将全人类改造成符合自己想法的样子。久保田博士令健太、耕一郎、瞬、千里和美久变身成百万连者，进行对抗涅吉雷吉亚的行动。后期更出现了第六位战士早川裕作，起初新战士不太喜欢MEGA连者，后来相处日子越多，感情越深厚。西奈拉博士最后甚至控制了贾米乌斯一世，并且舍弃自己的生命想要与电磁战队一起毁灭。这一次的作品是继1989年的高速战队涡轮连者，再一次由高中生出兵，意味着青春灵魂永不熄灭。不同的是，涡轮连者他们没拍毕业照也没拿毕业证书。

新战国时代，忍者们展开着与妖怪们激烈的战斗。以战斗末了，猿飞佐助为首的5人的忍者们，在自无敌将军们三神将被给予的「封印的门」中关锁妖怪总司令和妖怪们的能源的，事上成功了。丢失能源并在人类社会融洽了的妖怪カッパは，欺骗猿飞佐助的子孙佐助和雾隐的子孙才藏，使之开了东京湾有了的封印的门。注视了祖先世世代代封印的门的血统的少女鹤姫决定与去除了封印的佐助与才藏，三好入道清海的子孙清海，并且从美国来的见雷也的子孙见雷也的4人一起，同500年前的祖先同样进行妖怪封印。一边经营绉纱衬衣铺，一边持续妖怪封印的旅行。